Ingénieur(e) bioinformaticien(ne) - h/f

Description entreprise :

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Description du poste :

L’ingénieur en techniques biologiques choisit, adapte et met en œuvre les techniques de biologie dans le cadre des projets scientifiques d’une équipe de recherche du CIML (Marseille). De plus, sa mission sera d’assurer l’interface entre l’animalerie et les besoins expérimentaux des chercheurs de l’équipe de recherche.

Activités principales :

· Conception de pipelines d'analyse bioinformatique pour le traitement des données transcriptomiques.

· Test, mise en œuvre et déploiement de méthodes bioinformatiques pour l'analyse des données transcriptomiques spatiales et d'ARN-seq unicellulaires (y compris la segmentation cellulaire, la déconvolution et l'annotation basées sur des références, l'analyse des gènes différentiellement exprimés...)

· Présentation des résultats dans des rapports et des présentations clairs

· Suivre les évolutions technologiques dans le domaine de l'analyse bioinformatique des données transcriptomiques spatiales.

· Participer activement aux réunions d'équipe.

· Participer aux réunions et aux échanges avec la communauté des bioinformaticiens du CIML et de la région marseillaise (réseau BIOTIC).

 

Profil recherché :

Connaissances / Savoir-faire :

· Compétences en programmation dans R et PYTHON

· Maîtrise des outils d'analyse de données de séquençage à haut débit (Illumina, Oxford Nanopore Technologies), de préférence en transcriptomique (RNA-seq, single-cell RNA-seq).

· Compréhension pratique des différentes méthodes de transcriptomique spatiale.

· Compréhension pratique des méthodes mathématiques pour l'analyse de données multidimensionnelles.

· Maîtrise de l'anglais scientifique écrit et parlé.

· Connaissance des systèmes Unix/Linux, Shell.

Aptitudes :

· Volonté d'évoluer et d'apprendre

· Intérêt pour les questions méthodologiques en biologie computationnelle.

· Rigueur, sens de l'organisation et capacité à synthétiser des résultats techniques et scientifiques.

· Bonnes aptitudes à la communication avec les bioinformaticiens et les biologistes.

· Bon esprit d'équipe.

Spécificité(s) / Contrainte(s) du poste :

Dans des circonstances exceptionnelles, les expériences peuvent être menées de manière isolée (après 19h30) : une demande d'autorisation doit être soumise à cet effet.

Maîtrise de l'anglais : compréhension écrite et orale.